簡(jiǎn)化外顯子組測(cè)序：cSNP-Seq
基于大量重測(cè)序及全外顯子組重測(cè)序數(shù)據(jù),，從IWGSC注釋HC基因中選取包含變異信息最豐富的區(qū)域進(jìn)行捕獲探針設(shè)計(jì)，確保每個(gè)HC基因至少有一個(gè)代表區(qū)段被覆蓋,。包含11萬HC基因編碼區(qū)內(nèi)的600K cSNP,。
cSNP-Seq vs SNP芯片
| cSNP-Seq | 芯片 |
檢測(cè)方法 | 捕獲測(cè)序 | 芯片檢測(cè) |
標(biāo)記數(shù)量 | >600K | 50K,、55K、660K |
標(biāo)記類型 | SNP/InDel/CNV | SNP |
標(biāo)記序列 | 可獲取 | 無法獲取 |
檢測(cè)新變異 | 是 | 否 |
樣品準(zhǔn)備
突變體群體,、自然群體,、組圖群體材料
| 樣品類型 | 數(shù)量要求 | 存放形式 |
樣品要求 | 組織樣品 | ≥2cm葉片 | 1.5mL 離心管 |
DNA樣品 | ≥2μg DNA | 0.2mL EP管 |
BSA基因定位材料
質(zhì)量性狀群體，每個(gè)極端性狀混池≥25個(gè)極端個(gè)體材料 |
數(shù)量性狀群體,，每個(gè)極端性狀混池≥35個(gè)極端個(gè)體材料 |
| 樣品類型 | 數(shù)量要求 | 存放形式 |
樣品要求 | 組織樣品 | ≥2cm葉片 | 1.5mL 離心管 |
DNA樣品 | ≥2μg DNA | 0.2mL EP管 |
RNA樣品 | ≥2μg 總RNA | 0.2mL EP管 |