AQPTM-SNP/InDel分型通用試劑盒
1. AQPTM-SNP/InDel分型通用試劑盒簡(jiǎn)介
AQPTM基因分型系統(tǒng)又稱等位基因特異的定量PCR基因分型系統(tǒng)（Allele-Specific Quantitative PCR based genotyping assay, AQP）,，是一種PCR擴(kuò)增技術(shù)與定量PCR技術(shù)結(jié)合形成的基因分型系統(tǒng),。該系統(tǒng)采用終點(diǎn)法讀取熒光值,，能夠?qū)?/span>SNP、插入或缺失變異位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè),，具有很大的靈活性,，檢測(cè)成本低,，特別適用于大批量篩選項(xiàng)目,，例如植物育種研究和藥物基因組研究。
AQPTM基因分型系統(tǒng)對(duì)應(yīng)的分型試劑由兩部分構(gòu)成：1. SNP位點(diǎn)特異的擴(kuò)增引物（SNP-Specific Primers）：由兩個(gè)等位基因特異的正向引物(Allele-specific forward primers)和一個(gè)通用反向引物(Common reverse primer)組成,；2. HiGeno 2x Probe Mix預(yù)混液：包含PCR擴(kuò)增和產(chǎn)生熒光信號(hào)所需的熒光探針,。
2. AQPTM-SNP/InDel分型檢測(cè)原理
AQP?基因分型試劑使用一種通用的熒光報(bào)告系統(tǒng)，該熒光報(bào)告系統(tǒng)能夠生成儀器可識(shí)別的與基因型相匹配的熒光信號(hào),。
AQP?基因分型系統(tǒng)包含有兩個(gè)競(jìng)爭(zhēng)性的等位基因特異的正向引物和一個(gè)通用反向引物（圖1A）,。兩個(gè)正向引物3'末端存在單堿基的差異，5'端分別帶有不同的接頭序列（圖1A紅色和藍(lán)色部分）,。HiGeno 2x Probe Mix中包含有兩個(gè)不同的熒光探針,，兩個(gè)探針的5'端分別標(biāo)記有FAM和HEX熒光基團(tuán)，中間特定堿基帶有特異的淬滅基團(tuán),，3'端序列則分別與正向引物5'端接頭序列互補(bǔ),；通過發(fā)夾結(jié)構(gòu)，探針的熒光基團(tuán)與淬滅基團(tuán)相互靠近，在PCR無擴(kuò)增情況下,，淬滅基團(tuán)吸收熒光基團(tuán)的發(fā)射光,，檢測(cè)不到熒光信號(hào)（圖1B）；HiGeno DNA Polymerase是一種高保真的熱啟動(dòng)DNA聚合酶(圖1C),，在堿基存在錯(cuò)配的情況下不能對(duì)DNA模板進(jìn)行有效擴(kuò)增,。
圖1. AQP?基因分型系統(tǒng)組分。
當(dāng)PCR擴(kuò)增反應(yīng)啟動(dòng)時(shí),，等位基因特異引物結(jié)合在目標(biāo)SNP的上游，其3'端堿基位于SNP位點(diǎn),。如果SNP位點(diǎn)是雜合的,，則兩個(gè)引物將結(jié)合到相應(yīng)DNA模板上，而如果SNP位點(diǎn)是純合的,，則僅一個(gè)特異引物或另一個(gè)特異引物將結(jié)合到DNA模板上,。同時(shí)，通用的反向引物將結(jié)合到互補(bǔ)鏈的SNP位點(diǎn)下游（圖2II）,。隨著PCR擴(kuò)增反應(yīng)的進(jìn)行,，等位基因特異的正向引物接頭序列會(huì)整合到SNP的上游，形成具有接頭序列的PCR產(chǎn)物（圖2Ⅲ）,。在后續(xù)PCR擴(kuò)增中,，探針識(shí)別接頭序列，作為引物進(jìn)行擴(kuò)增,，形成具有熒光信號(hào)的PCR產(chǎn)物（圖2V）,。如果SNP位點(diǎn)的基因型是純合的，則僅會(huì)生成一種可能的熒光信號(hào),，而如果SNP位點(diǎn)是雜合的,，則結(jié)果將是混合的熒光信號(hào)（圖2VI）。
圖2. AQPTM基因分型系統(tǒng)原理,。Ⅰ, DNA模板,；Ⅱ, SNP特異引物擴(kuò)增；Ⅲ, SNP特異引物擴(kuò)增產(chǎn)物,；Ⅳ, 探針擴(kuò)增,；Ⅴ, 熒光標(biāo)記產(chǎn)物；Ⅵ, 熒光值讀取和SNP分型分析,。
3. AQPTM-SNP/InDel分型試劑盒訂購信息
貨號(hào) | 名稱 | ROX level | 包裝 | 反應(yīng)數(shù)目 |
AQP-001S | HiGeno 2x Probe Mix A | Low ROX | 5mL | 10μL反應(yīng)體系,，1000個(gè)反應(yīng) |
AQP-001M | Low ROX | 10mL | 10μL反應(yīng)體系，2000個(gè)反應(yīng) |
AQP-001L | Low ROX | 25mL | 10μL反應(yīng)體系,，5000個(gè)反應(yīng) |
AQP-002S | HiGeno 2x Probe Mix B | Standard ROX | 5mL | 10μL反應(yīng)體系,，1000個(gè)反應(yīng) |
AQP-002M | Standard ROX | 10mL | 10μL反應(yīng)體系，2000個(gè)反應(yīng) |
AQP-002L | Standard ROX | 25mL | 10μL反應(yīng)體系，5000個(gè)反應(yīng) |
AQP-003S | HiGeno 2x Probe Mix C | High ROX | 5mL | 10μL反應(yīng)體系,，1000個(gè)反應(yīng) |
AQP-003M | High ROX | 10mL | 10μL反應(yīng)體系,，2000個(gè)反應(yīng) |
AQP-003L | High ROX | 25mL | 10μL反應(yīng)體系，5000個(gè)反應(yīng) |